제1장 연구개발과제의 개요(Introduction) = 16
제1절 연구개발의 목적(The Purpose of the Research) = 17
제2절 연구개발의 필요성(The Necessity of the Research) = 18
제3절 연구개발의 범위(The Scope of the Research) = 22
제2장 국내외 기술개발 현황(Internal and External State of the Arts) = 23
제1절 신약개발의 환경 변화(Situation of New Drug Development) = 24
제2절 신약탐색 기술의 변화(Change of New Drug Discovery Techniques) = 25
제3장 연구개발수행 내용 및 결과(Contents and Results of the Research) = 32
제1절 라이브러리 설계기술의 확립(Establishment of the Virtual Library Design Technique) = 33
제2절 소분자 라이브러리 제조(Small Molecule Library) = 57
제3절 질병관련 protease panel의 확보 및 assay 확립(Establishment of Disease Related Proteases Panel and Their Screening Methods) = 86
제4절 흡수/대사/안전성 예측기술의 확립(Establishment of Prediction Tools for ADME and Toxicity) = 99
제5절 선도물질의 도출(Lead Discovery) = 128
제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도(Measures of Achievement and Contribution) = 135
제1절 연구개발 목표 달성도 = 136
제2절 연구개발 성과 현황 = 138
제5장 연구개발결과의 활용계획(Plans to Apply the Results of the Research) = 139
제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보(Scientific and Technological Information from Abroad) = 141
제1절 Protein Chip = 142
제2절 독성예측기술 = 142
제7장 참고문헌(References) = 144